主張專利實施許可合同因沒有向國務院專利行政部門備案而無效的依據是《中華人民共和國合同法》(以下簡稱《合同法》)第44條的規(guī)定和《中華人民共和國專利法實施細則》(以下簡稱《實施細則》)第15條第2款的規(guī)定。這兩個條款的內容分別為 ：“依法成立的合同，自成立時生效。法律、行政法規(guī)規(guī)定應當辦理批準、登記等手續(xù)生效的，依照其規(guī)定”;“專利權人與他人訂立的專利實施許可合同，應當自合同生效之日起3個月內向國務院專利行政部門備案”。

在主張專利實施許可合同未經備案無效的人看來，專利實施許可合同是應當經過國務院專利行政部門批準后才生效的合同。其實這是一種誤解，他們是把這一引導性規(guī)定當作了一種影響合同效力的強制性規(guī)定了。

實際上，國內的民事主體之間簽訂專利實施許可合同的行為完全是一種民事法律行為，只要不違反我國現行的法律和行政法規(guī)的強制性規(guī)定，不涉及國家安全和社會公共利益就是有效。且從我國《合同法》第324條、第342條、第344條、第346條的規(guī)定看，向行政主管機關備案也不是專利實施許可合同的生效要件。而《專利法》第12條規(guī)定：任何單位或者個人實施他人專利的，應當與專利權人訂立書面實施許可合同，向專利權人支付專利使用費。被許可人無權允許合同規(guī)定以外的任何單位或者個人實施該專利。據此，《專利法》也只是要求專利實施許可合同必須以書面形式訂立，而沒有要求辦理備案。

如果我們仔細分析《實施細則》第15條第2款的規(guī)定也可以看出該備案行為不影響專利實施許可合同的效力。讓我們再來看看該款的規(guī)定吧：“專利權人與他人訂立的專利實施許可合同，應當自合同生效之日起3個月內向國務院專利行政部門備案”。請注意，該規(guī)定要求的專利實施許可合同訂立后向國務院專利行政部門備案的時間是自“合同生效”之日起3個月內。也就說，根據該條規(guī)定，當事人在向國務院專利行政部門備案之前，雙方所簽訂的專利實施許可合同如果沒有其他無效情形，就已經生效了。且，該條并沒有規(guī)定不備案時產生怎樣的法律后果。那么，在法律和行政法規(guī)沒有明確規(guī)定不辦理備案合同就無效的情況下，一個已經生效的合同是沒有理由被認定為無效的。

而《最高人民法院關于適用<中華人民共和國合同法>若干問題的解釋(一)》第9條規(guī)定：“依照合同法第44條第2款的規(guī)定，法律、行政法規(guī)規(guī)定合同應當辦理批準手續(xù)，或者辦理批準、登記等手續(xù)才生效，在一審法庭辯論終結前當事人仍未辦理批準手續(xù)的，或者仍未辦理批準、登記等手續(xù)的，人民法院應當認定該合同未生效;法律、行政法規(guī)規(guī)定合同應當辦理登記手續(xù)，但未規(guī)定登記后生效的，當事人未辦理登記手續(xù)不影響合同的效力，合同標的物所有權及其他物權不能轉移”。據此可知，專利實施許可合同在訂立后未向國務院專利行政部門備案的，不影響其效力。至于有什么樣的法律后果，那就要根據法律、行政法規(guī)和行政規(guī)章的具體規(guī)定來判斷了。但是到目前為止，筆者尚未找到這樣的規(guī)定。根據“法無明文規(guī)定不為罰”和“責任法定”的法律原則，在法律規(guī)范沒有對其后果作出明確規(guī)定的情況下，是不能根據一個籠統的規(guī)定讓行為人承擔責任的。

同時，該《實施細則》第15條第2款把備案期限限定在專利實施許可合同生效后3個月內也是不恰當的。因為這樣的話，那些不了解法律規(guī)定的人或者由于某種原因未能在專利實施許可合同生效后3個月內辦理備案的人就不能再備案了，如果執(zhí)法機關和司法機關在實踐中再以此條款作為限制權利人的依據的話，就會造成這樣的結果，本來已經生效的合同，僅僅因為沒有在三個月內備案而變成無效合同，這有違公平、效率，誠實信用原則和市場經濟的要求。